Lorsqu’elle est diagnostiquée précocement et traitée correctement, la maladie de Lyme guérit rapidement et n’a donc pas beaucoup de répercussion sur la vie des personnes atteintes. En revanche, si le diagnostic n’est pas fait rapidement et que la maladie évolue vers une phase tardive, elle peut être invalidante. Cependant, même au stade tardif de la maladie, le traitement permet habituellement la disparition ou l’amélioration des symptômes.
Une borréliose de Lyme passée ou encore active ne confère pas d’immunité protectrice, il est donc possible d’être infecté plusieurs fois.
Certains patients ayant eu une maladie de Lyme (traitée) souffrent d’un ensemble de symptômes aspécifiques décrits comme "syndrome post-traitement de la maladie de Lyme". La cause exacte de ce syndrome n’est pas encore connue. La plupart des experts médicaux sont d’avis que la persistance de symptômes découlerait plutôt de dommages résiduels aux tissus et au système immunitaire à la suite de l’infection, que d’une persistance de la bactérie même. Le terme « maladie de Lyme chronique » est mal défini et ne devrait pas être utilisé puisqu’il n’y a, à ce jour, pas d’évidence d’infection résistante à un traitement antibiotique bien conduit.